Вообще такое случается, но в большинстве случаев достаточно выйти из скайпа, из учетки и вырубить его.
Потом удалить всякий мусор, включая временные файлы, скажем программкой CCleaner.
Далее проверить сайт антивирем и после всего этого запустить программку очистки от всякой гадости adw cleaner, очень легкая и мего полезная. Скачать можно тут http://adwcleaner.ru.uptodown.com/windows , кстати советую ее использовать вообще всем. Но конечно после сканирования ей, посмотреть лог удаляемого и если, что то надо, убрать галочку.
Еще советую иметь на компе софтину System Explorer http://systemexplorer.net/, будет возможность и управлять процессами и сервисами и автозагрузкой и памятью...
И не забывать перед всеми действиями сделать точку восстановления, мало ли...