Хм-м, я не встречал никаких программ и алгоритмов, которые справлялись бы на 100% со знаками пунктуации. Сам пишу в ворде, но у меня есть "чуйка". И ее легко наработать, если много читать. Спорные моменты возникают, но тогда лучше найти соответствующее правило или тред в интернете, и это...